El Archivo conserva el fondo documental propio de la Diputación Provincial de Cádiz, que comprende los documentos producidos y recibidos por la Diputación gaditana desde su creación mediante el decreto de 19 de diciembre de 1812. El fondo documental de la Diputación también lo integran fondos de centros, institutos, fundaciones, etc. creados para la gestión especializada de determinados servicios provinciales.

El Archivo conserva fondos de diversos organismos e instituciones benéfico-asistenciales y sanitarias, resultado de la absorción por parte de las diputaciones de competencias benéfico-asistenciales durante todo el siglo XIX. Al pasar a manos de la institución provincial la gestión de dichos organismos e instituciones también lo hicieron sus fondos documentales.

El Archivo conserva diversas colecciones que se han ido formando a lo largo de su existencia. Algunas de ellas han sido digitalizadas por su interés y/o elevada frecuencia de consulta, como la del Boletín Oficial de la Provincia de Cádiz o la de prensa histórica.